Quy định tại Chương 5 Quyết định 31/2021/QĐ-TTg như sau: Trường hợp tổ chức, cá nhân đề nghị hoàn trả tiền, ngân hàng thương mại hoặc tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán thực hiện tra soát, đối chiếu nếu đề nghị của tổ chức, cá nhân là đúng và thuộc trách nhiệm xử lý của ngân hàng thương mại hoặc tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán thì thực hiện hoàn trả cho tổ chức, cá nhân. Trường hợp đề nghị của tổ chức, cá nhân là đúng nhưng trách nhiệm xử lý của cơ quan, đơn vị cung cấp dịch vụ công thì chuyển xử lý cho cơ quan, đơn vị cung cấp dịch vụ công để thực hiện xử lý, hoàn trả cho tổ chức, cá nhân. Thời gian thực hiện tra soát, đối chiếu và hoàn trả tiền hoặc trả lời cho tổ chức, cá nhân không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị của tổ chức, cá nhân.
Với quy định này: trực tiếp công dân nộp hồ sơ có đơn đề nghị hoàn tiền lệ phí đã nộp nêu rõ lý, kèm cùng văn bản do cơ quan tiếp nhận hồ sơ từ chối xử lý để làm cơ sở, chứng từ thanh toán hoàn phí cho công dân.